Богородице-Алексеевский монастырь в Томске расположен на улице Крылова (дома 12, 12 б).

Богородице-Алексеевский монастырь в Томске был основан в 1605 в устье реки Киргизки на Юртачной горе. Монастырь часто страдал от набегов сибирских народов (калмыков, киргизов, телеутов). А после сожжения в 1656 году единственной монастырской церкви Казанской иконы Богородицы, было принято решение перенести монастырский дом в более безопасное место - на берег речки Ушайки. Строительство новой обители завершилось в 1663 году. Из этого лавра осуществлялось руководство прочими восемью сибирскими монастырями, входившими в Томский разряд.

Богородице-Алексеевский монастырь в Томске до 1764 года был единственным в области владельцем 400 крепостных крестьян, а также обладал земельными угодьями на реках Томи и Оби. В XVII веке при обители открыли больницу, а в 1746 году и первую томскую школу — Томское русское духовное училище, преобразованное в 1762 году в русско-латинское. С 1858 года здесь также действовала духовная семинария, имевшая обширную библиотеку. Богородице-Алексеевский монастырь в Томске, как и другие сибирские лавры, был местом ссылки, в которой в конце 1720-х годах под арестом находился Абрам Ганнибал (прадед Александра Пушкина), сосланный в Сибирь по указанию князя Меншикова.

Главным монастырским храмом является Казанская церковь с двумя приделами. Изначально постройка была деревянной, поэтому часто страдала от пожаров. Каменный храм возвели к 1789 году в стиле сибирского барокко. В 1830-е годы монастырь окружили каменными стенами и башнями-часовнями по проекту томского архитектора К. Турского. На монастырской территории также располагались летние кельи, озеро, сад и кладбище, на котором в 1864 году был погребен старец Фёдор Кузьмич, отождествляемый в легендах с императором Александром I. В 1904 году над его могилой была сооружена часовня, разобранная в 1936 году и вновь восстановленная в 1990-х.

В 1922 году Богородице-Алексеевский монастырь в Томске закрыли, но Казанский храм действовал еще до 1929 года. После его закрытия монахи вместе с архимандритом были казнены на горе Каштак.

В 1992 году Богородице-Алексеевский монастырь в Томске был возвращен верующим. В Казанском храме возобновились богослужения. В 1995 году были обретены мощи старца Федора Кузьмича, которые стали главной монастырской реликвией. В 1997 году была восстановлена и часовня святого.